Auch wenn Eternal Sonata sehr niedlich wirkt, ein Großteil des Spiels werden Kämpfe gegen die unterschiedlichsten Gegnertypen bestritten. Das Kampfsystem setzt sich hier aus einer Mischung von klassischem Runden- und Echtzeitkampf zusammen. Um zu kämpfen muss lediglich auf die in der Spielwelt verteilten Gegner zugelaufen werden. Taktisch sinnvoll ist es dabei zu warten, bis sie mit dem Rücken zum Spieler stehen. Dadurch hat man nicht nur den Vorteil des ersten Angriffs sondern auch, dass sie auf dem gesonderten Kampfareal mit dem Rücken zu der eigenen Gruppe stehen und Angriffe von hinten nicht geblockt werden können. Die so genannte „Tactical Time“, also die Zeit, bevor die erste Aktion begonnen wird, ist am Anfang des Spiels unbegrenzt, somit ist, wie der Name schon sagt, taktisches Überlegen ohne Stress zu bewältigen.
Im weiteren Verlauf wird die Tactical Time aber begrenzt, was die Kämpfe natürlich schwieriger, aber gleichzeitig auch interessanter und spannender gestaltet. Neben der Tactical Time gibt es auch noch eine weitere Zeitleiste: Sie Zeigt die noch verbleibende Aktionszeit an. Erst wenn die Tactical Time abgelaufen ist, oder der Charakter eine Aktion beginnt. Hierbei ist es egal, ob es sich um einfaches Laufen oder Angreifen handelt. Eine Kombination aus beidem kann beliebig oft innerhalb der fünf Sekunden, die pro Charakter zur Verfügung stehen, durchgeführt werden.
