Im voranschreitenden Spielverlauf nehmt ihr euch folglich verschiedenen Missionen der drei Organisationen an. Entweder erfüllt ihr Aufträge für die „Roaches“, die in ihren schicken schwarzen Anzügen eindeutig in die Kategorie „Mafia“ unterzuordnen sind, übernehmt Jobs der so genannten „Reaper“, die sich mit ihrer kommunistischen Haltung gänzlich dem einstigen Guerilla-Führer Che Guevara verschrieben haben, oder arbeitet für die so genannten „Ular Boys“, einer Dschungel-Gang, deren Ziele ökologischer Natur sind. Missionen nehmt ihr in der jeweiligen Basis der Gruppierungen ein, oder an gekennzeichneten Punkten auf eurer Karte. Die Wahl der Missionen obliegt dabei eurer Lust und Laune. Welchen Auftrag ihr als erstes in Angriff nehmt, bleibt also euch überlassen. Mit erfüllten Aufträgen steigt euer Ansehen, mit dem neue Missionen der „Agentur“ freigeschaltet werden.
Das Missionsdesign ist abwechslungsreich und bietet im Zusammenspiel mit der Spielmechanik viel Spielraum zum experimentieren. Mal gilt es eine feindliche Basis zu erobern, mal müsst ihr Raketengeschütze zerstören. Dann wiederum gibt es Aufträge, in denen ihr jemanden befreien müsst und solche, die euch in wilde Verfolgungsjagden verwickeln. Zudem gibt es allerlei kleinere Nebenjobs, wie Festungsübernahmen oder Wettrennen, wobei diese immer nach dem gleichen Schema ablaufen und letztlich lediglich eurem so genannten Chaos- und Geld-Konto gut tun. Trotz des hohen Abwechslungsreichtums und vielen humorvollen Einlagen, lässt sich die actionlastige Tendenz der Missionen nicht verkennen. Und das ist auch gut so!
