Ein Feature, das Ikaruga von seiner Konkurrenz abhebt, ist die Polarität eures Kampfflugzeugs. Auf Knopfdruck wechselt ihr zwischen weißer und schwarzer Materialbeschaffenheit, was nicht nur optische Abweichungen birgt, sondern auch spielerische Konsequenzen mit sich bringt. Weißes Material absorbiert weißen Feindesbeschuss, während ihr in schwarzer Metamorphose resistent gegen schwarze Bleigeschosse seid. Euer Vorteil ist aber auch gleichzeitigt euer Nachteil. Denn ihr selbst solltet stets darauf achten, gegenpolige Raumjäger vom Himmel zu holen. Zwar könnt ihr mit eurer weißen Verwandlung weiße Feinde abschießen, allerdings beansprucht das erheblich mehr Geschosse. Wesentlich vorteilhafter ist es, dem feindlichen Schiff gegenpolig gegenüberzutreten, dann haben eure Feuersalven doppelte Durchschlagskraft.
Das Polaritäts-Feature ist eine extrem clevere Spielmechanik. Der Spieler muss sich zwischen doppelten Schaden und (relativer) Unverwundbarkeit entscheiden. Selbst die Levelarchitektur setzt auf den geschickten Einsatz der Polaritäts-Unterschiede. Durch das Absorbieren gegnerischer Geschosse füllt sich zudem kontinuierlich eine Spezialanzeige, dank der ihr einen zielsuchenden Laser, der je nach gesammelter Energie bis zu 12 Feuerstöße in die Gegnermassen jagt, abfeuert.