Cocoon, als sicherer Hort der Menschheit, ist in die Welt von Pulse eingebettet. Beherrscht wird diese Welt von Kristallwesen, den so genannten Fal Cies. Pulse hat seinen eigenen Fal Cie, ebenso wie Cocoon. Alles von außen kommende wird vom Sanktum, der Sicherheitsbehörde von Cocoon, und ihren PSICOM-Kriegern aufgespürt und eliminiert. Bürger von Pulse, die also in Berührung mit der Außenwelt und dem Pulse Fal Cie gekommen sind, werden verfolgt und im Zuge der so genannten Purgation deportiert. In den Wirren dieses unmenschlichen Vorgangs spielt die Geschichte rund um die Ex-Soldatin Lightning, ihre Schwester Serah und deren Freund Snow. Serah ist in Berührung mit dem Pusle Fal Cie geraten und wurde mit seinem Zeichen gebrandmarkt, was sie nun zur Zielscheibe von Sanktum macht. Da Snow mit Serah verlobt ist, setzt er natürlich alles daran, sie vor der Purgation zu bewahren.
Von Fal Cie gebrandmarkte haben außerdem eine besondere Bestimmung, beziehungsweise einen Auftrag vom Kristall erhalten. Erfüllen sie diesen nicht, werden sie zu zombieähnlichen Wesen. Durch eine unvorhergesehene Schicksalsfügung kommt es, dass sich nun auch Snow, Lightning und einige andere plötzlich als Auserwählte wiederfinden. Verfolgt vom Sanktum und unwissend über ihre Aufgabe, versuchen sie ihr Schicksal zu erkunden.
