Da es sich bei Fallout 3 bekanntlich um ein waschechtes Rollenspiel handelt, wurde viel Wert auf die Freiheit gesetzt. Jede eurer Handlungen, jede Tat hat einen Einfluss auf das spätere Spiel. Entscheidet man sich für den leichten Weg um an eine Information zu gelangen und tötet man einfach Alles und Jeden? Oder begibt man sich auf Missionen um an das Ziel zu gelangen – dies ist allein eure Entscheidung. Doch neben neuen Möglichkeiten bietet das Spiel auch altbewährtes. So steigen wir natürlich auch im Level auf nachdem wir neue Orte gefunden, Aufgaben gelöst oder Kämpfe bestritten haben. Die gewonnene Erfahrung kann dann in viele unterschiedliche Attribute, Fähigkeiten oder Spezialfähigkeiten investiert werden, die uns einen kleinen aber entscheidenden Vorsprung vor unseren Feinden geben. Je nach Verteilung der Punkte können wir besser schießen, Schlösser knacken, sind Wortgewandter oder haben mehr Ausdauer oder Stärke.
Auf unseren Streifzügen begegnen wir nicht nur Menschen, sondern auch mutierten Tieren oder uns noch unbekannte Lebewesen. Auch die Zombieähnlichen Ghouls sind vertreten und haben sogar eine eigene kleine Stadt. Eben jene und noch andere Feinde wollen uns das Leben schwer machen oder gar nehmen um sich an unseren Gegenständen oder unserem Fleisch zu bereichern. Leider agrieren unsere Widersacher nicht immer sehr intelligent und laufen uns gern einfach mal vor die Flinte oder werden zur leichten Beute für eine Granate wenn sie in einer Gruppe auf den oder die Heldin losgehen. Dennoch ist es unratsam, einen offenen Kampf zu suchen, denn ein Angriff aus der Deckung verspricht ganz klar höhere Chancen, diesen auch zu überleben. Zumal es Waffen wie eine Mini-Atombombe gibt, die sichtlich für Ärger sorgen können. Neben dem üblichen Echtzeitkampf, den wir aus dem 3rd oder First-Person View bestreiten können, gibt es auch im dritten Teil der Reihe das V.A.T.S.-System. Dieses System erlaubt es uns, mit einem Tastendruck unsere Angriffspunkte, die sich nach einiger Zeit wieder aufladen, in gezielte Schüsse auf die einzelnen Körperteile unserer Feinde zu verteilen. Durch Verwendung des V.A.T.S. wird das Spiel kurz pausiert und gibt uns die Möglichkeit mit einem präzisen Angriff unsere Feinde Kampfunfähig zu machen. Je nach Entfernung oder Fähigkeit werden unsere Trefferchancen der einzelnen Bereiche in Prozent dargestellt.