Damit der Spieler dank dieser Neuerungen nicht unterfordert wird, wurde die künstliche Intelligenz der Feinde einer Generalüberholung unterzogen. Zwar waren die feindlichen Soldaten in den Vorgängern schon mit allen Wassern gewaschen, jedoch zeigten diese starke Defizite, was die Suche nach unserem Agenten anging. Sie suchten den Spieler wie von einer Hornisse gestochen, jedoch waren dunkle Ecken ein absolutes Tabuthema für die feindliche KI. Somit war es ein Leichtes für den Spieler, Sam zu verstecken.
Wer meint mit eben dieser Taktik auch in Chaos Theory überleben zu können, hat sich geschnitten: Der Suchradius der Gegner wurde stark erhöht und stellt die absolute Referenz im Genre dar. Auch dunkle Ecken stellen für sie kein Hindernis mehr dar: Vermuten sie den Spieler in einem dunklen Abschnitt, zücken sie schnurstracks eine Leuchtfackel, um den dunklen Bereich auszuleuchten.
Selbst kleine Veränderungen an der Umgebung werden von der KI aufgenommen und untersucht. So fällt diesen jede geöffnete Tür, jedes kaputte Fenster und jegliches ausgeschaltete Licht auf. Somit ist der Spieler geforderter denn je, jeder Schritt sollte durchdacht werden um nicht entdeckt zu werden. Wird man trotz aller Bemühungen entdeckt, zeigen die Gegner reichlich taktische Finesse. So versuchen diese, den Spieler von mehreren Seiten einzukesseln oder suchen bei Beschuss Deckung. Zieht man sich in einen dunklen Abschnitt zurück, werfen sie Sam eine Leuchfakel vor die Füße um ihn dann schlussendlich von den Flanken in eine Sackgasse zu drängen.
Um eben solchen Situationen zu entgehen, spendierten die Entwickler Sam neue Manöver. Ist es geglückt einen Gegner von hinten zu packen, stehen dem Spieler jetzt mehrere Möglichkeiten zur Wahl wie er mit dem „Gefangenen“ umgeht: Durch Druck auf die L-Taste kann man diesen lautlos erwürgen, um ihn daraufhin in einer dunklen Ecke zu verstecken, drückt man stattdessen auf die R-Taste, tritt Sam dem verdutzten Gegner kurzerhand in den Rücken, um ihn auszuschalten. Auf diese Methode kann man Gegner z.B. über eine Brüstung schmeißen, um sich ihnen endgültig zu entledigen. Da dieses rabiate Manöver jedoch einigen Krach verursacht, sollte man darauf achten, dass sich keine weiteren Söldner in der näheren Umgebung aufhalten. Damit sich der Spieler ständig darüber im Klaren ist, wie viel Geräusche er nun verursacht, bauten die Jungs von Ubisoft einen Geräuschpegel ein, der mit der bekannten Sichtbarkeitsanzeige wunderbar harmoniert. Auf diesem Pegel wird angezeigt, wie viel Lärm in der Umgebung herrscht und welchen Krach Sam verursacht. Somit gestaltet sich das Anschleichen weit weniger zufallsbedingt als es noch in den Vorgängern der Fall war.
Auch für den Nahkampf wurde Sam Fisher stärker ausgebildet – so packte man ihm kurzerhand ein Messer in sein Inventory. Wird der Spieler von einer Wache entdeckt, kann er diese nun bevor sie Alarm schlägt kurzerhand mit einem Messerstich ausschalten. Alternativ dazu kann das Messer auch als Schneidewergzeug in der Umgebung verwendet werden: Entdeckt man beispielsweise per Wärmesicht einen Gegner in einem Zelt, kann man dieses mit dem Messer aufschneiden um den Feind von hinten zu überraschen.
