Wie bereits erwähnt, geht es in Insanely Twisted Shadow Planet hauptsächlich darum, die immer umfangreicher werdende Werkzeugsammlung des Ufos zu benutzen. Euer Haupt-Werkzeug ist der Scanner. Er sagt euch, welche Tools ihr in einer bestimmten Situation benötigt oder welche Aufgaben an dieser oder jener Stelle des Levels zu erfüllen sind. Eines der Werkzeuge das dabei am häufigsten zum Einsatz kommt ist zweifelsohne der Greifarm. Mit ihm bewegt ihr Schalter, haltet euch Tentakeln vom Leib oder nutzt ihn, um in strömungsreichen Abschnitten unter Wasser nicht die Kontrolle zu verlieren.
Auch das Schaufelrad, welches der Spieler schon ziemlich zu Beginn des Spiels ergattern kann, erweist sich als äußerst wichtig. Mit ihm kann man sich an bestimmten Stellen durch loses Gestein schaufeln. Der Spieler muss dabei keine Angst haben, die Übersicht zu verlieren, denn eine Karte des wirklich riesigen Labyrinths zeigt euch jederzeit sowohl eure Position als auch die des nächsten Ziels an. Sollte man einmal nicht mehr weiter wissen, muss man einfach nur die unmittelbare Gegend mit dem Scanner absuchen und schon bekommt man hilfreiche Tipps spendiert.
Natürlich verfügt das kleine Ufo auch über Waffen, denn auf dem Schattenplaneten wollen euch zahlreiche Gegner das Leben schwer machen. Neben einem Laser stehen euch später im Spiel auch Zielsuchraketen zur Verfügung, mit denen Endbosse vernichtet oder schwer erreichbare Schalter bedient werden müssen.
