Zu Beginn von Enchanted Arms findet man sich gleich in einem Kampf gegen einen unbesiegbaren Feind wieder, doch dies dient nur der eher verwirrenden Einleitung. Man startet mit seinen Freunden in der Universität und erkundet diese, ebenso werden einige Andeutungen auf Atsumas Arm gemacht, welcher natürlich eine wichtige Rolle spielt. Nach einiger Zeit beschließt das Trio oder eher gesagt Atsuma das Fest zu besuchen, welches in Yokohama immer ein Großerlebnis ist. Bevor man die ersten Kämpfe selbst austrägt erhält man allerdings in einem Tutorial die Erklärungen, wie die Kämpfe grundsätzlich ablaufen. Ist man nun mit seinen Freunden in der Stadt angelangt beginnt auch schon bald das Unheil. In letzter Zeit gab es vermehrt Erdbeben und eben ein solches, nur von extremerer Stärke, findet gerade dann statt, als die Freunde mitten im Festival zu Gange sind.
Die Stadt wirkt nun alles andere als Farbenfroh, denn das Beben hat erhebliche Zerstörungen angerichtet, doch dies ist nicht das schlimmste, plötzlich greifen die bisher friedfertigen Golems Kinder und alle Besucher des Festes an. Egal ob Pizzaverkäufergolem oder Wachgolem, alle sind aggressiv und beginnen die Menschen zu verfolgen und zu töten. Natürlich kann Atsuma dabei nicht zusehen und hilft mit seinen Freunden dabei die Golems zu vernichten, doch das Schlimmste beginnt erst. Nachdem die Golems besiegt wurden fängt es plötzlich an zu schneien und die Menschen werden allesamt ohnmächtig, zumindest diejenigen welche nicht über die Enchanting Kräfte verfügen wie die Studenten der Universität. Atsuma und seine Freunde sind nun auf dem Weg zurück und wollen die Gründe für all die passierten Dinge erfahren.
Bald entdecken sie hinter einem bisher versiegelten Bereich der Universität das Geheimnis. Dort verbirgt sich eine riesige alte von Magie betrieben Maschine. Hier wurde einer der Devil Golems eingesperrt, bis zum heutigen Tage zumindest. Als es zum Kampf mit dem Devil Golem kommt versucht Toya seine Freunde zu beschützen, allerdings reichen seine Kräfte nicht aus. Makoto wird von einer Eisschicht verschüttet, Toya wird als Diener der Devil Golems mitgenommen, nachdem er besiegt ist, und unser Held Atsuma wird zurückgelassen.
