Natürlich gelingt es dem Master Chief vor der Detonation der Pillar of Autmn den Halo gemeinsam mit Cortana zu verlassen. Die Rückreise zur Erde beginnt und gleichzeitig die Geschichte von Halo 2. In deren Fokus steht nicht mehr ausschließlich der Held aus dem Vorgänger, sondern ebenfalls ein Allianz-Elite (Alienrasse vom Planeten Sanghelios) namens Thel `Vadam. Dieser war mit der Verteidigung des Halos betraut, den der Master Chief am Ende des ersten Teils zerstörte.
Thel `Vadam wird von den drei Allianz-Anführer dem Propheten der Wahrheit, dem Propheten des Bedauerns und dem Propheten der Gnade, für sein Versagen öffentlich gefoltert und gepeinigt, während der Master Chief für seine Verdienste und Tapferkeit auf Halo ausgezeichnet wird. Lange kann der Spartan die Ehre jedoch nicht genießen. Die Allianz hat die Koordinaten der Erde ausfindig gemacht und beginnt sogleich mit dem Angriff.
Mit Unterstützung des Master Chiefs gelingt es den Menschen die erste Welle der Attacken der Allianz abzuwehren. Gemeinsam mit Commander Miranda Keyes, der Tochter des im ersten Teil durch die Flood ermordeten Captain Keyes, nimmt der Master Chief die Verfolgung des Propheten des Bedauerns auf. Nach einem weiteren Hyperraumsprung ins Ungewisse stoßen die beiden auf eine weitere Ringwelt.
Unterdessen erhält der verstoßene Elite Thel `Vadam die Gelegenheit, seine Ehre wiederherzustellen, indem er in den Rang des so genannten Gebieters aufsteigt und zum Märtyrer der Allianz in einer Art Selbstmordkommando wird. In seiner ersten Mission soll der Gebieter den Elite-Rebellen Sesa 'Refumee ausfindig machen und zur Strecke bringen. Der behauptet, dass es sich bei der “ durch die Führung der Allianz angepriesenen „großen Reise“, um einen großen Schwindel handelt. Ganz nebenbei öffnet `Refumee auch noch eine durch Flood kontaminierte Gas-Raffinerie.
Parallel dazu gelingt es dem Master Chief den Propheten des Bedauerns auszuschalten. Das veranlasst die übrig gebliebene Allianz-Führung dazu, sich nach neuen Bodyguards umzusehen. Fortan ersetzen die so genannten „Brutes“ die Eliten. Die neue Rangordnung innerhalb der Allianz hat zur Folge, dass der Gebieter vom Brutes-Anführer Tartarus bei einer weiteren Selbstmordmission verraten und in den Abgrund eines Graveminds (höchst entwickelte Flood-Stufe) geworfen wird.
In den Fängen des Graveminds befindet sich mittlerweile auch der Master Chief, dessen Flucht nach der Ermordung des Allianz-Propheten, nicht von großem Erfolg gekrönt war. Der Gravemind ist eine Art Hirn, das kombinierte Bewusstsein der gesamten Flood. Der Gravemind klärt den Gebieter über die wahren Zwecke der Halos auf und sendet ihn und den Master Chief aus, die Allianz daran zu hindern, den zweiten Halo zu aktivieren.
Der Master Chief nimmt die Verfolgung der beiden übrig gebliebenen Allianz-Propheten auf, wobei er Zeuge davon wird, wie die Flood den Propheten der Gnade infiziert. Derweil versucht Brutes-Anführer Tartarus die entführte Miranda Keyes dazu zu zwingen, den Halo zu aktivieren. Nur Menschen scheinen den Index verwenden zu können, weil es sich offenbar um die letzten Nachfahren der Blutsväter handelt.
Tartarus gelingt es, die Maschine einsatzbereit zu machen. Vor ihrem Abschuss intervenieren jedoch der Gebieter und Sgt. Johnson. In einem opferreichen Kampf gelingt es den beiden Tartarus zu erledigen, und Miranda Keyes zu retten. Diese bleibt auf dem Halo um die Ausbreitung der Flood zu stoppen, während sich der Master Chief auf den Rückweg zur Erde macht, wo der übrig gebliebene Prophet der Wahrheit plant, alle Halo-Ringe gleichzeitig zu aktivieren. Halo 3 beginnt.
