Im gesamten Spiel stehen euch insgesamt 14 Missionen zur Verfügung. Davon setzen sich acht aus R-Type und weitere sechs aus R-Type 2 zusammen. Ihr erlebt im Spiel also die Krone der R-Type Schöpfung. Außerdem wurde ein weiteres Gimmick eingefügt. Den Fans des eher leichtfüßigen Spieltriebs wurde ein großer Gefallen getan, denn die Entwickler spendierten dem Remake einen so genannten Endlosmodus. In den Ursprungstiteln war es nämlich so, dass der Spieler drei Leben pro Level hatte und dann sehen musste, wie er damit zu Recht kam. Mit dem Endlosmodus, der nun als Alternative gewählt werden darf, wird alles anders, denn dort habt ihr nun endlos viele Leben. Die Herausforderung liegt hier bei der Minimierung der verlorenen Schiffe.
Ein weiterer Kritikpunkt des Originals war die Tatsache, dass man bei jedem Ableben zurück an den Beginn des Levels gesetzt wurde. Hier hat man nun für Abhilfe gesorgt und zahlreiche Checkpoints sorgen für frustfreies Vorankommen auch über den Verlust eines Lebens hinaus.
