Ihr steuert den 3D-Sidescroller aus einer Genre-typischen Seitenperspektive. Im Gegensatz zu Spielen wie Bionic Commando: Rearmed beschränkt sich Shadow Complex jedoch nicht darauf, euch Feinde von oben, unten, links oder rechts auf den Hals zu hetzen, auch aus der Bildschirmtiefe blasen die hartnäckigen Widersacher zum Angriff. Deshalb bedarf die Steuerung auch einer kurzen Einarbeitungsphase. Dank eines behutsamen Spieleinstiegs und einer dezenten Zielhilfe in Form eines Laiser-Pointers, werdet ihr allerdings schnell zum Herrn der Lage.
Mit wachsendem Spielfortschritt steigt auch der spielerische Anspruch. Simple Hüpf- und Klettereinlagen werden zu fordernder Akrobatik, harmlose Schusswechsel mit einzelnen Feinden zu tückischen Explosionsorgien mit gewaltigen Bossgegnern, die nur mit der richtigen Strategie und durchschlagskräftigem Waffenarsenal zu bezwingen sind. Dazu gesellen sich überschaubare Schalterrätsel und ein Ranzen voll hilfreicher Ausrüstung, der im Spielverlauf immer voller wird. Jet-Pack und Atemgerät für Tauchspaziergänge sind nur zwei Beispiele für die vielen Gadgets.
Die Kombination der verschiedenen Spielelemente macht Shadow Complex äußerst abwechslungsreich. Ihr krabbelt durch Lüftungsrohre, schwimmt unter Hubschrauberbeschuss von einem Ufer zum anderen, hangelt euch unter nichtsahnenden Feinden entlang, entkommt dem Raketenhagel eines riesigen Militärroboters mit gekonnten Sprüngen oder ballert euch hinter einem MG-Geschütz durch Horden von Gegnern. Einzig und allein in Sachen Gegner-Typen wird Vielfalt vermisst.