Wo der Storymodus von ‚Naruto Shippuuden: Ultimate Ninja Storm 2‘ also stark an Qualität gewinnen konnte, baut die Spielmechanik in den Kämpfen, die letztlich das Herzstück des Titels ausmachen, auf einer wesentlich gefestigteren Basis auf und schafft es abermals mit einfacher, intuitiver Bedienung für brachiale Action in den Kampfarenen zu sorgen. Das Kampfsystem beschränkt sich auf simple Tastenkombinationen, die komplexe Kombo-Angriffe hervorrufen. Mithilfe des so genannten „Chakra“ führen ‚Naruto‘ und seine Gefährten besonders starke Attacken aus. Häufig müsst ihr in kurzen Quicktime-Events eure Reaktion unter Beweis stellen. Speziell in Bosskämpfen erwarten euch hier eindrucksvolle Sequenzen.
Die Gefechte werden im Vergleich zum restlichen Spielablauf in einer 3D-Arena dargestellt, in der ihr die Kamera frei bewegen könnt. Insgesamt könnt ihr 23 verschiedene Schauplätze freischalten, die allesamt hübsch gestaltet wurden und in die Kämpfe mit einbezogen werden können. Dabei ist Kampfsystem zumindest auf den höheren Schwierigkeitsgraden sehr fordernd und bietet Vielfalt und Abwechslung in einem Ausmaß, wie man es nur von wenigen Beat ‚em Ups gewohnt ist.