Zunächst will der Spieler nichts anderes als weg von der angegriffenen Kundgebung des Bürgermeisters. Dafür muss er sich einen Weg durch die Purifier, eine Organisation zur Bekämpfung von Mutanten, bahnen. Noch ist der Spieler verwirrt von seinen Kräften und weiß sich selbst nicht wirklich einzuordnen. Ist man nun Mensch oder Mutant? Diese Frage wird während des Spiels zwar nicht geklärt, der Spieler muss für sich selbst jedoch eine Entscheidung treffen - Entscheidungen kommen in dem Spiel übrigens nicht zu kurz. Eine vorgeschriebene Storyline gibt es in X-Men: Destiny nämlich nicht. Das Spiel lebt durch seine Dialoge, die man von Zeit mit den beiden Fraktionen der Mutanten führt. Je nachdem wie man sich bei den Dialogen entscheidet, erhält man Aufgaben von den X-Men oder der Bruderschaft. Später hat der Spieler sogar zu entscheiden, welcher der Fraktionen er beitreten möchte. Die Dialoge erinnern dabei ein wenig an die von Rollenspielen, zwar mit weniger Entscheidungsauswahl, aber mit ebenso großer Auswirkung.
