Abgesehen von der angesprochenen Tatsache, dass im Vergleich zum Vorgänger weniger Bossfights auf euch warten, hat sich spielerisch nur wenig verändert. Zwischen den Dialogen marschiert ihr durch freibegehbare Areale, wie Konoha, wo kleinere Zusatzaufgaben angenommen werden können und lauft von A nach B. In diesen Abschnitten passiert in der Regel jedoch so wenig, dass man auch an dieser Stelle den Eindruck gewinnt, dass hier massiv Spielzeit in die Länge gezogen wird. Dieser Umstand wiegt besonders schwer, weil er von Spielern und Fachpresse bereits in den beiden Vorgängern bemängelt wurde. Schade, dass Namco Bandai zum wiederholten Male versäumt hat, den Abschnitten zwischen Kämpfen und Dialogen mit mehr Leben einzuhauchen.
Über jeden Zweifel erhaben sind hingegen die Kämpfe, in der die eigentliche Spielmechanik des Titels zur Geltung kommt. In Schicken 3D-Arealen kämpft ihr in typischer Beat em Up-Manier gegen eure Feinde, zumeist allein, hin und wieder aber auch mit Unterstützung anderer Charaktere, die per Knopfdruck herbeigerufen werden können und euch dann automatisch unter die Arme greifen. Das Kampfsystem setzt auf spektakuläre Combos und gewaltige Spezialangriffe, die dank hervorragender Steuerung mit ein wenig Übung schnell gemeistert werden können.
Wie angesprochen stellen die Bossfights das spielerische Highlight von Ultimate Ninja Storm 3 dar. Dort gilt es neben der klassischen Kampfvariante immer wieder kurze Quicktime-Events zu meistern. Wer flink die richtige Tastenkombination betätigt, wird nicht nur mit besonders effektiven Attacken belohnt, auch deren Inszenierung kann sich sehen lassen. Schade, dass dieses Qualitätsmerkmal nur noch selten zum Vorschein kommt. Die Gewichtung zwischen Dialogen und Bossfights sollte bei einem weiteren Nachfolger definitiv überdacht werden.