Die angesprochene Mother Base ist in ihrer spielerischen Tragweite ein nicht zu unterschätzendes Gameplay-Element. Sie ist nämlich mehr als ein simpler Stützpunkt. So setzt sie sich aus verschiedenen Stationen zusammen, die mit unterschiedlichen Aufgabenbereichen betraut sind. So existiert eine Entwicklungsabteilung, die für die Entwicklung neuer Waffen und Gegenstände sorgt, eine Informationszentrale, die Big Boss vor, während und nach Missionen mit nützlichen Hinweisen wie bspw. Wettervorhersagen unterstützt oder auch eine medizinische Abteilung, die verletzte Soldaten betreut. Für die Rekrutierung des Personals, das sich auf der Mother Base herumtreibt, zeichnet ihr euch höchst selbst verantwortlich. Mit Hilfe des Fulton Recovery Systems lassen sich ausgeknockte Feinde auf Knopfdruck zur Mother Base befördern. Unkonventionell, aber spaßig.
Habt ihr die ersten, unfreiwilligen Rekruten zu ihrem neuen Lebensraum befördert, habt ihr dafür zu sorgen, dass sie mit einer Aufgabe betraut werden, die möglichst ihren individuellen Fähigkeiten entspricht, um zu einem effektiven Mitarbeiter zu werden. Technikaffine Vertreter eignen sich beispielsweise bestens für die Entwicklungsabteilung, ein Chirurg sollte hingegen bestenfalls als Mediziner eingesetzt werden. Je besser ihr euch als Personaler beweist, desto schneller könnt ihr auf neue Vorteile in Form von Waffen, Gegenstände oder medizinische Ausrüstung hoffen. Eure Mother Base ist außerdem Heimat für eine Reihe von „Kumpanen“, die ihr auswählen könnt, um euch während einer Mission zu begleiten. Da wäre zum einen Big Boss‘ Schimmel, der sich besonders für Missionen eignet, in denen große Distanzen überbrückt werden müssen. Nach einer gewissen Spieldauer habt ihr darüber hinaus die Möglichkeit, einen Kojote-Welpen aufzunehmen, der mit der Zeit heranwächst und ein Talent zum Aufspüren von Feinden und versteckten Gegenständen besitzt. Und dann wäre da noch Quiet, eine Scharfschützin mit übernatürlichen Fähigkeiten, die ihr ebenfalls mit auf eure Reisen nehmen könnt. Persönliche Notiz: Wir fanden den Kojoten am coolsten.