Die Macht der Dunkelheit kennt weder Freund noch Feind
In jedem der beiden Paralleluniversen geschehen unvorhergesehene gefährliche Dinge und jede der beiden schiebt die Schuld an diesen Ereignissen auf die jeweils andere Seite. Blind vor Zorn und Rache führen die verfeindeten Gruppen zum Schluss sogar Krieg gegen die eigenen Mitglieder.
Bei den katastrophalen Ereignissen verschmilzt das bereits bekannte Earthrealm mit einer fremden Welt und unsere letzte Rettung können wir nur noch in Quanchi oder Gotham City finden. Nachdem nun immer mehr Bekannte aus Gotham City auftauchen, bahnt ihr euch schlagkräftig einen Weg durch die Storyline und genießt hin und wieder weitererzählenden Ingame-Cutscenes.
Diese treiben die Geschichte gekonnt voran und sind bis auf einige Sequenzen im DC-Universum auch meistens ziemlich überzeugend. Habt ihr dann den ersten Charakter nach Abschluss des Spiels freigespielt, könnt ihr nun die Storyline aus Sicht der anderen Seite erneut erleben.