Wie es sich für ein ordentliches Mortal Kombat gehört, kann auch Mortal Kombat vs. DC Universe mit neuen Moves, insbesondere aus dem DC-Universum punkten. Gerade im Bereich Nahkampf, wird der verursachte Schaden, den die Kämpfer erleiden, durch jede Menge blaue Flecken, tiefe Wunden und zerfetzte Kleidung am ganzen Körper dargestellt. Am besten Punkten lässt es sich dabei mit den im unteren Bildschirmrand angezeigten Combos, die ihr am besten mit einem der brachialen Finishing-Moves für ein optimales Ergebnis beenden solltet.
Wer gerne in luftigen Höhen kämpfen möchte, sollte sich dem Freefall-Kombat widmen, mit dem ihr euch von einer Arena zur nächsten stürzen könnt. Während des Falls füllt ihr dabei mit gezielten Schlägen die Freefall-Anzeige und löst, wenn diese voll ist, einen Specialmove aus. Dieser muss dann aber euch richtig sitzen, oder ihr landet bei einem gegnerischen Block schneller am Boden als es euch lieb ist und verliert jede Menge Lebensenergie.