Die Welt steckt mitten im Krieg gegen die bösen Time Splitters, die sich zum Ziel gesetzt haben, die Menschheit auszulöschen. Auf dem Weg zum Gegenangriff verschwinden die Aliens mit den Zeitkristallen durch eine Art Zeittor, welches vielleicht gewollt Ähnlichkeit mit einem Stargate (aus der gleichnamigen Serie) hat. Es bleibt nicht viel Zeit, Cortez muss den Time Splitters folgen. Gleich im ersten Level kann man sehen, wie man sich in einen Charakter aus der Zeit verwandelt. Der erste Stopp ist Sibirien, wo ein paar Soldaten einen Zombie und einen Time Splitters in einer Höhle gefunden haben. Nun geht die Suche los. In jede der neun Zeitzonen ist ein Time Splitter mit einem Zeitkristall geflohen. Um zu verhindern, dass die Zeitkristalle gegen die Menschen eingesetzt werden, gilt es in jeder Epoche den Time Splitter zu finden und ihm den Kristall abzunehmen.
Da jeder Level sein eigenes Waffen- und Gegnerset hat, spielt sich auch jedes unterschiedlich. Es ist ein ganz anderes Gefühl mit Pistolen im Wilden Westen zu kämpfen, als mit Lasergewehren gegen Aliens anzutreten. Die Zeitepochen laufen nicht nacheinander ab, sondern springen zwischendurch immer von Vergangenheit in die Zukunft und umgekehrt. Mal seid ihr 1895 in Paris unterwegs oder 2019 in Neo-Tokio und dann wieder 1853 im Wilden Westen. Noch spaßiger wird die Zeitreise allerdings im Kooperativ-Modus mit einem Freund. Einer kann dem anderen Deckung geben, während dieser gemütlich eine Runde Snake auf dem tragbaren Computer spielt.
