Natürlich aber hat sich der Prinz nicht nur optisch weiterentwickelt. Neue Fähigkeiten und Attribute in Sachen Kampf und Akrobatik dürfen in Prince of Persia Prodigy natürlich ebenfalls nicht fehlen. So wird eine nie da gewesene Agilität versprochen, die den Prinzen stärker als je zuvor gewissen physikalischen Naturgesetzen strotzen lassen wird. Ubisoft verspricht den Bewegungen des Prinzen noch mehr Geschwindigkeit einzuhauchen und eine schon fast künstlerische Leichtigkeit zu verpassen. Dabei steht dem Helden neuerdings eine Art Stulpenhandschuh mit Metallkrallen zur Verfügung, der ihn sowohl im Kampf als auch bei Akrobatikeinlagen unterstützen soll. Beispielsweise hat der Prinz über den Handschuh die Möglichkeit, Wände und Mauern hinunter zu gleiten, so dass große Tiefen im Nu überwunden werden können.
Hinsichtlich des Kampfsystems setzt Ubisoft auf Reaktionsschnelle und Strategie. Dabei orientierte man sich an zahlreichen Kampfspielen der Vergangenheit, wobei man positive Aspekte ins eigene Kampfsystem übernahm. Das Kampfgeschehen soll durch visuelle und akustische Effekte an Dramatik gewinnen. Diesbezüglich spielt auch der Einsatz der Kamera eine wichtige Rolle. Letztendlich versuche man den Kämpfen die Intensität und Qualität von Kampf-Choreografien bekannter Hollywood-Produktionen zu verleihen. Wesentlich gefuchster agierende Feinde sollen den Spieler darüber hinaus dazu zwingen, in Windeseile Entscheidungen zu treffen, sich die Umgebung zu Nutze zu machen und schnelle Reflexe an den Tag zu legen.
Die neue weibliche Mitstreiterin „Elika“ wird dem Prinzen während des Abenteuers tatkräftig unter die Arme greifen. Elikas Einfluss beschränkt sich dabei nicht auf das Lösen von Rätsel- und Puzzleeinlagen, sondern weitet sich auf sämtliche Gameplay-Elemente aus, die auch den Prinzen selbst betreffen. So wird die holde Weiblichkeit ebenfalls in Kämpfen, Sprung- und Kletterpassagen und der Storyline von großer Bedeutung sein. Ubisoft möchte mit Elika einen revolutionären Einsatz eines „unterstützenden Charakters“ erreichen. Elika wird allerdings lediglich computergesteuert sein und kann nicht etwa in einem Coop-Modus durch einen Freund bedient werden.
