Ein sehr wichtiger Aspekt sind Upgrades. Neben den Erfahrungspunkten und Talentpunkten, letztere können frei verteilt werden, springt bei der Erforschung fremder Welten auch immer das ein oder andere Upgrade heraus. Giftresistente Kampfanzüge, Schildverstärker, Laufverlängerungen für die Waffen, radioaktive oder panzerbrechende Munition. Alles was im Kampf hilfreich sein könnte, steht in verschiedenen Ausführungen zur Verfügung und wird entweder als Goodie entdeckt oder bei einem Händler erworben.
Bei der Aufrüstung der Waffen sollte nicht immer nur Wert auf pure „Firepower“ gelegt werden. Als nützliche Upgrades haben sich bei unseren Kämpfen hinter feindlichen Linien auch Waffenkühlungen, erweiterte Suchradare oder Zielhilfen bewährt, mit denen die einzelnen Schusswaffen bestückt werden können. Auch die biotischen Fähigkeiten, die im Laufe des Spiels erworben werden, sind speziell bei Bosskämpfen ein wichtiger Bestandteil. Wo pure Waffengewalt versagt, reicht ein Druck auf die RB-Taste, um das Selektionsrad aufzurufen und die Gegner mit übernatürlichen Kräften ins Schwitzen zu bringen.