Das Zauberwort, welches die Verbesserungen zum Vorgänger am deutlichsten beschreibt, ist Abwechslung – und die gilt auch in den Nebenmissionen. Egal ob Auftragsattentate, Schlägereien, Wettläufe oder Kurieraufträge, für Ablenkung vom eigentlichen Geschehen ist gesorgt. Am interessantesten dabei sind sicherlich die acht Katakomben der verschiedenen Städte, die nur darauf warten erkundet zu werden. Entlang linearer Kletterpfade müssen jede Menge Schalter bedient und schwindelerregende Höhen überwunden werden. Als Belohnung für das Erkunden aller Katakomben winkt am Ende sogar die Rüstung von Altair.
Ebenfalls motivierend und spannend zugleich ist die Jagd nach Glyphen, die versteckt an bestimmten Gebäuden prangen und nur durch das „Adlerauge“ sichtbar werden. Dass es Sinn macht diese zu suchen, liegt an der spannenden Hintergrundgeschichte, die daran geknüpft ist. Gemeint ist euer Vorgänger „Subjekt 16“, dessen verschlüsselte „Wahrheit“ ihr nur auf diese Weise erfahren könnt. Jede gefundene Glyphe löst ein Rätsel-Minigame aus, das an historische Ereignisse und Figuren erinnert. Meist handelt es sich dabei um Bilderrätsel oder Puzzles, die zunehmend fordernder werden und bei erfolgreicher Lösung einen sehr kurzen Videoclip für euch bereithalten. Findet und löst ihr hingegen alle Rätsel, werden die Clips zu einem gesamten zusammen gefügt.
